Se inició como una tímida experiencia durante el año escolar 1965-66, únicamente para los dos años superiores de Bachillerato (cuarto y quinto), con la finalidad de familiarizar a los alumnos con el difícil ambiente que les esperaba en la Universidad. Para ello fue necesario el permiso de Roma, pues existía una norma del Papa Pío XI que prohibía la coeducación en las escuelas cristianas.

Finalizado el primer año los directivos del Colegio hicieron una evaluación de los resultados y en ella llamó la atención esta reflexión de los alumnos: "hasta este año yo había visto al sexo contrario como compañeros de fiestas y diversiones, pero este año los he visto como compañeros de trabajo. Mi visión sobre mis compañeros de sexo contrario se ha enriquecido mucho". Al año siguiente la coeducación se amplió a todo el Bachillerato. En la primaria comenzó gradualmente a partir del año escolar 1967-68. Para el año escolar 1970-71 el Colegio ya era mixto en todos sus niveles.